Le chargement et le déchargement des produits liquides peuvent être réalisés par le haut (top loading) ou par le bas (bottom loading). Pour le déchargement par le bas, les wagons-citernes sont équipés d’une vanne de sortie inférieure et de vannes latérales situées dans la partie basse sur les côtés du wagon. Les vannes sont munies de piquages filetés mâles (généralement M130x6, M130x9, M140x10, 5.1/2″ (DIN) ou autre norme ferroviaire) ou de piquages à brides.
Les piquages à brides situés sur le dessus du wagon, sous la trappe de visite, sont destinés au déchargement du produit par le haut. Un flexible de transfert produit, par exemple DN100 ou DN80, par lequel la substance à pomper (phase liquide) va circuler, est raccordé directement ou via un raccord à connexion sèche. La récupération des vapeurs, c’est-à-dire le transfert des vapeurs du réservoir en cours de remplissage vers celui en cours de vidange (récupération des vapeurs), s’effectue à l’aide d’une deuxième ligne – un flexible de récupération des vapeurs et un raccord sur le wagon (phase gazeuse). Le transfert des substances liquides est réalisé par gravité, par pompage ou par refoulement du liquide hors du réservoir à l’aide d’un gaz, tel que l’azote.